A. japonicus có phạm vi phân bố tương đối phổ biến ở vùng biển Tây Thái Bình Dương. Loài cá này được ghi nhận từ quần đảo Ryukyu (Nhật Bản), băng qua đảo Đài Loan và trải dài về phía nam đến Philippines, quần đảo Trường Sa, phía đông bắc đảo Borneo, và giới hạn đến đảo Sulawesi, Indonesia; ở phía đông, A. japonicus được tìm thấy ở Palau (nhưng hiếm)[1].

A. japonicus sống gần các rạn san hô trong các đầm phá và ven bờ ở độ sâu khoảng từ 5 đến 20 m[1], nhưng thường được quan sát ở độ sâu khoảng 15 m trở lại[3].